Les filtres en aquaponie sont très divers. Cela va du « zéro filtre » aux filtres à tambour, en passant par les filtres sous pression avec mousses filtrantes, les filtres à tourbillons, et bien d’autres systèmes. Deux questions ont orienté les choix réalisés pour le système « truites aquaponiques ». Quelles sont les exigences en matière de filtration? Quels sont les systèmes les moins coûteux et les plus faciles à entretenir qui répondent à ces besoins?
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